Annette Weinke studierte Geschichte, Publizistik und Kunstgeschichte in Göttingen und Berlin. Nach mehrjähriger Tätigkeit im Justizdienst promovierte sie im Jahr 2001 bei Christoph Kleßmann, zum Thema des strafrechtlichen Umgangs mit NS-Tätern in beiden deutschen Staaten. Sie war Mitarbeiterin der Unabhängigen Historikerkommission zur Geschichte des Auswärtigen Amtes. Im Jahr 2014 habilitierte sie sich an der Friedrich-Schiller Universität Jena. Ihre Habilitationsschrift „Gewalt, Geschichte, Gerechtigkeit. Transnationale Debatten über deutsche Staatsverbrechen im 20. Jahrhundert“ (Wallstein 2016) erhielt den Übersetzerpreis „Geisteswissenschaften international“ und liegt seit 2018 auch in englischer Sprache vor (Berghahn Books). Sie war unter anderem Gastprofessorin und Fellow in Amherst und Princeton. Derzeit lehrt sie als Privatdozentin Neuere und Neueste Geschichte an der FSU Jena und ist stellvertretende Leiterin des Jena Center Geschichte des 20. Jahrhunderts.