Ulrich Mählert studierte Politische Wissenschaft, Germanistik und Anglistik an der Universität Mannheim, wo er 1994 mit der Arbeit Die Freie Deutsche Jugend 1945-1949 promovierte. Nach einem Forschungsprojekt zur Geschichte der Parteisäuberungen im Kommunismus wechselte Mählert 1998 ans ZZF, um im Mai 1999 das Geschichtsforum „Getrennte Vergangenheit – Gemeinsame Geschichte“ auszurichten. Seit November 1999 verantwortet er den Arbeitsbereich Wissenschaft der Bundesstiftung zur Aufarbeitung der SED-Diktatur. Er ist leitender Herausgeber des Jahrbuchs für Historische Kommunismusforschung und Autor bzw. Herausgeber zahlreicher Publikationen zur Geschichte der DDR.